O CEF desenvolve investigação, programas de pós-graduação e actividades de divulgação e sensibilização sobre questões relacionadas com as florestas, sistemas agro-florestais, áreas semi-naturais e cadeias industriais de base florestal. O CEF partilha a visão da Forest2020 da UE que considera as florestas e áreas semi-naturais como ecossistemas vitais, produtivos e multifuncionais, contribuindo para o desenvolvimento sustentável e bem-estar humano num ambiente saudável.

O CEF tem uma perspectiva internacional da investigação e empenha-se no desenvolvimento de uma comunidade académica diversificada. A maior parte da investigação experimental localiza-se em Portugal, embora diferentes linhas se estendam ao Mediterrâneo e às regiões tropicais e sub-tropicais, em perspectivas globais.

O CEF escolheu quatro áreas estratégicas de investigação:

• Análise da estrutura e função dos ecossistemas, modelação dos fluxos de energia, e resposta dos ciclos do carbono e da água a mudanças globais, tais como estresses ambientais (por exemplo, seca), e perturbações (por exemplo, incêndio).
• Valorização, protecção, avaliação de vulnerabilidades e gestão adaptativa dos ecossistemas florestais e semi-naturais, assim como serviços ambientais.
• Gestão sustentável dos recursos florestais, incluindo produção de madeira e de cortiça, silvicultura, economia e políticas florestais
• Madeira e produtos florestais não-lenhosos, incluindo inovação de produtos e processos, química verde e biorrefinarias.

As linhas estratégicas do CEF também incluem:

• um forte compromisso com a educação doutoral como meio privilegiado para promover resultados científicos e a cooperação inter-institucional
• uma interação estruturada com as partes interessadas e a sociedade