O CEF foi criado em 1976, sendo um dos centros de investigação universitários mais antigos em Portugal. Inicialmente, sua missão foi a de coordenar a investigação multidisciplinar e a transferência de conhecimentos relacionados com a expansão das plantações de eucalipto e da indústria de pasta para papel que elas abasteciam. Subsequentemente, acompanhando o evoluir das exigências do setor florestal, o âmbito alargou-se, passando a incluir temas importantes e emergentes para a gestão das florestas e ecossistemas seminaturais, tais como os relacionados com as alterações, a sustentabilidade dos ecossistemas e a fileira da cortiça.
Os desafios atuais centram-se na ligação das pessoas ao ambiente, nas dimensões regionais das mudanças globais, na globalização dos riscos e da instabilidade económica, no fornecimento de serviços de ecossistema, na reemergência da química verde e das biorrefinarias com base na floresta.
Desde 2010, e de acordo com os novos estatutos da universidade e da escola, ao CEF são atribuídas responsabilidades de investigação e orientação na formação pós-graduada.