O CEF desenvolve investigação, programas de pós-graduação e atividades de divulgação e sensibilização sobre questões relacionadas com as florestas, sistemas agroflorestais, áreas seminaturais e cadeias industriais de base florestal. Partilha a visão da Forest2030 da UE que considera as florestas e áreas seminaturais como ecossistemas vitais, produtivos e multifuncionais, contribuindo para o desenvolvimento sustentável e bem-estar humano num ambiente saudável.
A perspetiva do CEF em relação à investigação é internacional e empenha-se no desenvolvimento de uma comunidade académica diversificada. A maior parte da investigação experimental localiza-se em Portugal, embora diferentes linhas se estendam ao Mediterrâneo e às regiões tropicais e sub-tropicais, em perspetivas globais.
A investigação no CEF foca-se em quatro áreas estratégicas:
- Análise da estrutura e função dos ecossistemas, modelação dos fluxos de energia, e resposta dos ciclos do carbono e da água a mudanças globais, tais como estresses ambientais (por exemplo, seca), e perturbações (por exemplo, incêndio).
- Valorização, proteção, avaliação de vulnerabilidades e gestão adaptativa dos ecossistemas florestais e seminaturais, assim como serviços ambientais.
- Gestão sustentável dos recursos florestais, incluindo produção de madeira e de cortiça, silvicultura, economia e políticas florestais
- Madeira e produtos florestais não-lenhosos, incluindo inovação de produtos e processos, química verde e biorrefinarias.
As linhas estratégicas do CEF também incluem:
- um forte compromisso com a educação doutoral como meio privilegiado para promover resultados científicos e a cooperação interinstitucional
- uma interação estruturada com as partes interessadas e a sociedade