O Centro de Investigação das Ferrugens do Cafeeiro (CIFC) foi oficialmente criado em 1955 com o apoio dos governos de Portugal e dos Estados Unidos da América (Agreement FO-PO-5, April 29, 1955; Project F.O.A. 72-11-004). Na altura o CIFC foi incluído na Junta de Investigações do Ultramar (JIU), que em 1982 passou a ser designada por Instituto de Investigação Científica Tropical (IICT) até à sua extinção em 31 de julho de 2015. O CIFC foi integrado no Instituto Superior de Agronomia (ISA)/Universidade de Lisboa. 

O fundador e Director do CIFC foi o reconhecido fitopatologista Prof. António Branquinho D’Oliveira. Em 1973 o seu colaborador Doutor Carlos Rodrigues Jr. substituiu-o assumindo a direcção do Centro até 2004.

A criação do Centro de Investigação das Ferrugens do Cafeeiro, em Oeiras, teve como principal objectivo centralizar as investigações das ferrugens do cafeeiro num local onde não houvesse o perigo de introdução desta doença ou novas raças do agente patogénico nas diferentes regiões cafeicultoras do mundo. As actividades do CIFC visavam apoiar os centros de investigação sobre café existentes nas ex-colónias portuguesas e nos países cafeicultores em todo o mundo quer na selecção de cafeeiros resistentes à ferrugem quer na formação de investigadores no âmbito destas doenças. 

Desde 1955, o CIFC tem desenvolvido um papel central no estudo da ferrugem alaranjada (Hemileia vastatrix) e mais recentemente (1989) na antracnose dos frutos verdes do cafeeiro – CBD (Colletotrichum kahawae), através da criação de uma rede de investigação internacional, que inclui mais de 40 países cafeicultores.