Colecções únicas de germoplasma:

As colecções de cafeeiros, de isolados de Hemileia vastatrix e de Colletotrichum kahawae existentes no CIFC, provenientes de diferentes origens geográficas, são os principais recursos para o desenvolvimento de todas as actividades científicas desenvolvidas pelo CIFC, assim como nas suas colaborações com instituições nacionais e internacionais.  A ampliação das colecções de germoplasma, com novos indivíduos incluindo a sua caracterização, é realizada de forma regular e resulta, principalmente, das actividades: “ Prospecção da Patogenicidade ” e “ Prospecção da Resistência”.

Coffea spp.
Vários milhares de introduções de cafeeiros, de diferentes espécies e origens, incluindo diferentes introduções do Híbrido de Timor (HDT) têm sido caracterizadas no CIFC, de acordo com o seu espectro de resistência às 50 raças fisiológicas  de H. vastatrix e agrupadas em 50 grupos fisiológicos de resistência. Nestes grupos, podem ser encontrados cafeeiros susceptíveis e resistentes, a todas as raças de ferrugem conhecidas, e alguns destes são utilizados para diferenciar raças de ferrugem (cafeeiros diferenciadores). Mais de duas centenas de híbridos foram sintetizados no CIFC, entre as melhores cultivares de Arabica e cafeeiros com diferentes espectros de resistência. O mesmo procedimento está a ser realizado, para obtenção de cafeeiros com resistência a ambas as doenças: ferrugem alaranjada e antracnose dos frutos verdes (CBD).

Hemileia vastatrix
De 3600 amostras de ferrugem, provenientes de cerca de 40 países produtores de café, mais de 50 raças de ferrugem de H. vastatrix foram caracterizadas, num conjunto de 27 cafeeiros diferenciadores.

Colletotrichum spp.
Várias centenas de isolados de Colletotrichum spp. incluindo C. kahawae, isolados de cafeeiros, provenientes de diferentes países cafeicultores, assim como isolados provenientes de outras instituições de investigação ao abrigo de projectos conjuntos, constituem uma importante colecção.