O objectivo desta linha de investigação é o de melhorar os conhecimentos sobre os impactos na biodiversidade das acções de ordenamento e gestão em sistemas agrícolas, agro-silvo-pastoris e florestais, contribuindo assim para uma melhor compreensão das consequências ambientais das políticas agrícolas e florestais nacionais e europeias. Nesta linha de investigação têm sido desenvolvidos quer trabalhos de âmbito geral, relacionados com a monitorização da biodiversidade a nível nacional e europeu, quer trabalhos mais específicos relacionados com a avaliação do impacto das actividades agrícolas e das alterações do uso do solo na estepe cerealífera, ou do impacto da construção e funcionamento de infra-estruturas (e.g. barragens) na biodiversidade.