Um jardim botânico é uma instituição que alberga colecções documentadas de plantas vivas para propósitos de investigação científica, conservação, educação e lazer. O Jardim Botânico da Ajuda assinou a Agenda Internacional para a Conservação em Jardins Botânicos e como membro do Consórcio Europeu de Jardins Botânicos faz parte da Global Partnership for Plant Conservation devendo contribuir para a Estratégia Global para a Consrvação das Plantas (CBD). Assim, são objectivos gerais do JBA:

A nível internacional

• Contribuir para a educação sobre biodiversidade (Meta 14: Incorporação da comunicação, educação e programas de consciencialização pública sobre a importância da diversidade de plantas e da necessidade de sua conservação).
• Contribuir para a conservação ex situ das espécies endémicas e raras do continente português, aumentando os táxones conservados em banco de sementes ou na coleção viva (Meta 8: Pelo menos 75 por cento das espécies de plantas ameaçadas em coleções ex situ, de preferência no país de origem, e pelo menos 20 por cento disponíveis para programas de recuperação e restauro).
• Participar na discussão da aplicação de protocolos internacionais aos Jardins Botânicos da Comunidade Europeia
• Organizar/Co-organizar reuniões científicas internacionais.

A nível nacional

• Conservar e manter um espaço que para além de jardim botânico é um jardim histórico.
• Fomentar junto dos restantes Jardins botânicos portugueses o cumprimento das metas a atingir para a Conservação de Plantas até 2020, designadamente o registo na base de dados da BGCI (Plant Search) das suas colecções.
• Promover a realização de actividades lúdicas que tragam ao JBA o público em geral.

A nível do ISA

• Oferecer actividades e visitas temáticas para grupos de estudantes.
• Participar na formação dos estudantes do ISA.
• Reforçar a capacidade de prestação de serviços ao exterior, tendo como objectivo o aumento das receitas dessa origem.
• Organizar acções que divulguem e projectem a imagem do JBA no exterior O JBA pretende, em particular:
  • Contribuir para a educação sobre biodiversidade.
  • Contribuir para a conservação ex situ das espécies endémicas e raras do continente português, aumentando os táxones conservados em banco de sementes ou na coleção viva.
  • Conservar e manter um espaço que para além de jardim botânico é um jardim histórico.