Dada a extensão da Tapada da Ajuda, a infraestrutura de comunicações assenta num backbone de ligações por Fibra Óptica (FO). Esta permite suportar ligações de alto débito e longas distâncias. Todas as comunicações inter-edifícios são suportadas por ligações Gigabit Ethernet, ou agregados de ligações deste tipo. Dentro de cada edifício, as comunicações são suportadas tipicamente por cablagem de cobre UTP (Unshielded Twisted Pair), embora nalguns casos (Edifício Principal, BISA) existam ainda backbones locais sobre FO.

O backbone de FO existente actualmente na Tapada foi desenvolvido totalmente de raiz, no âmbito do projecto de implementação da telefonia IP, representando uma expansão considerável relativamente ao backbone anteriormente existente, também ele já em grande parte em FO, passando a rede de comunicações a suportar as comunicações de dados e as de voz. Antes, estas últimas estavam desligadas do Centro de Informática, e eram suportadas por uma rede telefónica interna analógica tradicional.