Ph.D STUDENTS

2017-2022. Patrícia Morais Fernandes (FCT Grant - SFRH/BD/115424/2016)
Title: Molecular and histological approaches to unravel Castanea spp. responses to Phytophtora cinnamomi infection.
Supervisor: Rita Lourenço Costa (INIAV); Co-supervisors: Pedro Fevereiro (ITQB/UNL), Maria do Céu Silva (CIFC/ISA/ULisboa).

2013-2018. Diogo Nuno Proença Rico Silva (FCT Grant - SFRH/BD/86736/2012)
Title: Genome wide approach to understand the evolution of virulence in the rust pathogen Hemileia vastatrix at macro and microevolutionary scales.
Supervisor: Dora Batista (CIFC/ISA/ULisboa); Co-supervisor: Octávio S. Paulo (FCULisboa).

2013-2018. Ana Cristina Magalhães Vieira (FCT Grant - SFRH/BD/89397/2012)
Title:  Unraveling the genomics of adaptation of Colletotrichum kahawae to Coffea arabica.
Supervisor: Dora Batista (CIFC/ISA/ULisboa); Co-supervisor: Octávio S. Paulo (FCULisboa).

2013–2018. Inês Isabel Plácido dos Santos Diniz. (FCT Grant: SFRH/BD/84188/2012).
Title: An innovative integrated approach to characterize the resistance mechanisms of two coffee genotypes against Colletotrichum kahawae, aiming to select sources of durable resistance.
Supervisor: Maria do Céu Silva (CIFC/ISA/ULisboa); Co-supervisors: Leonor Guerra-Guimarães (CIFC/ISA/ULisboa); Helena Oliveira (ISA/ULisboa).

MSc STUDENTS

2019-2020. Alexandre Laureano “Analysis of retrotransposon influence on the genetic variability and virulence of Hemileia vastatrix”, Master degree in Biology of Plant Resources, ISA/Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa.         Supervisors: Dora Batista, Pedro Talhinhas.

2019-2020. Rita Carvalho “Coleosporium tussilaginis f.sp. senecionis-silvatici - Characterisation of the two nuclei in dycaryotic cells” Master degree in Biology of Plant Resources, ISA/Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa.                   Supervisors: Helena Azinheira, Pedro Talhinhas.

2019-2020. João Birg: “RNA seq analysis of the virulent transcriptome of the coffee leaf rust pathogen". Master degree in Evolutionary Biology and Development (BED), Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa.                         Supervisors: Dora Batista, Octávio S. Paulo

2017-2018. Cíntia Prata Macedo (MSc student, CIFC/ISA/UL and FCUL). Master Degree in Molecular Biology and Genetics (BMG), FCUL.
Title: Establishing a virus-induced gene silencing (VIGS)-based tool for functional analysis of rust resistance-related genes in coffee.
Supervisors: Dora Batista (CIFC/ISA/ULisboa, external supervisor); Célia Miguel (FCULisboa, internal supervisor).

2013-2014. Joana Rita Vieira Fino (MSc student, CIFC/ISA/ULisboa and FCULisboa)
Title: Analysis of RNA-Seq data from the interaction of Coffea spp.-Colletotrichum kawahae. MSc Thesis in Bioinformatics and Computational Biology, Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa (FCUL), 75 pp. http://repositorio.ul.pt/handle/10451/11738.
Supervisors: Dora Batista (CIFC/ISA/ULisboa, external supervisor); Octávio S. Paulo (FCULisboa, internal supervisor).

2013-2014. Adilma Cristina Delgado Andrade (MSc student, CIFC/IICT and ISA/ULisboa)
Title: Cochonilhas-algodão associadas ao cafeeiro em estufa.
MSc Thesis in Engenharia Agronómica, Instituto Superior de Agronomia (ISA/ULisboa).
Supervisor: José Carlos Franco (ISA/ULisboa); Co-supervisors: Elsa Maria Borges da Silva (ISA/ULisboa); Ana Paula Pereira (CIFC/IICT).

UNDERGRADUATE STUDENTS

2019 - Alexandre Miguel Riscado Bento “Caracterização da diversidade genómica em cafeeiros”. Unidade Curricular de Projeto, Licenciatura em Biotecnologia, Escola Superior de Tecnologia do Barreiro, Instituto Politécnico de Setúbal.  Supervisors: Helena Azinheira, Leonor Guimarães, Pedro Talhinhas

2019. Vasco Dias da Costa Campos “Extração e análise de hidratos de carbono solúveis em folhas de cafeeiro nas fases iniciais do processo de infeção de Hemileia vastatrix (ferrugem da folha de cafeeiro)”. Project in Cell and Molecular Biology, B.Sc in Cell and Molecular Biology, Faculty of Sciences and technology (FCT-NOVA).                                              Supervisors:  Leonor Guerra Guimarães (CIFC, ISA,UL) , Carla Pinheiro (FCT-NOVA)

2019. Inês Moutinho Ferreira Figueiredo Cabral “Avaliação eletroforética do proteoma de sementes de grão-de-bico da variedade Elixir, um genótipo de alto rendimento” Project in Cell and Molecular Biology, B.Sc in Cell and Molecular Biology, Faculty of Sciences and technology (FCT-NOVA).                                                                                                       Supervisors: Leonor Guerra Guimarães (CIFC, ISA,UL); Isabel Duarte (INIAV)

2017. Sofia Mafalda Pereira First cycle student in Biology from the Instituto Superior de Agronomia (ISA), School of Agriculture, in the scope of ECT Project: “Estudo da expressão de genes envolvidos no desenvolvimento sexual de Colletotrichum kahawae”.
Supervisor: Ana Cabral (ISA/ULisboa); Co-supervisor: Helena Gil Azinheira (CIFC/ISA/ULisboa).

2015. Ovídio Belarmino Ribeiro Barros student in Licenciatura em Engenharia Agro-Pecuária from the Escola Superior Agrária of the Instituto Politécnico de Coimbra, in the scope of a final report: “Interação Cafeeiro HDT – Hemileia vastatrix Berk & Br. Caracterização da Resistência”.
Supervisors: Maria José Moreno da Cunha (ESAC/IPC), internal supervisor); Ana Paula Pereira (CIFC/ISA/ULisboa, external supervisor); Co-supervisor: Vítor Várzea (CIFC/ISA/ULisboa).

2013. Rita de Sousa Gorgulho First cycle student in Biology from the Instituto Superior de Agronomia (ISA), School of Agriculture, in the scope of ECT Project: “Análise integrada de dados da proteómica e transcriptómica para caracterização da resistência do cafeeiro a Hemileia vastatrix e Colletotrichum kahawae”.
Supervisor: Helena Gil Azinheira (CIFC/ISA/ULisboa).